La Sezione di Archivio di Stato di Gubbio venne istituita, come Sottosezione di Archivio di Stato, con D.M. 25 giugno 1957, su richiesta del Comune di Gubbio, in seguito a delibera del Consiglio Comunale del 20 dicembre 1956.
Il Comune di Gubbio e il nuovo Istituto
L'iniziativa di promuovere la fondazione dell'Istituto partì dal Comune di Gubbio, che se ne assunse anche gli oneri. La relativa delibera stabiliva infatti di inoltrare richiesta di istituzione al Ministero dell'Interno e di destinare alla Sottosezione i locali siti al secondo piano del palazzo del Podestà adibiti a uso dell'archivio storico, con riserva di trasferire la sede nel palazzo Ducale, non appena questo fosse divenuto agibile. A carico del Comune sarebbe stata in via continuativa dal 1 gennaio 1957 anche la spesa per il personale e per la manutenzione e il funzionamento della sede. L'Amministrazione archivistica fornì alla Sottosezione le scaffalature metalliche; il direttore della Sottosezione fu nominato e stipendiato dal Comune.
La Sezione di Archivio di Stato
In seguito al D.P.R. 30 settembre 1963, n.1409, che stabilì l'abolizione delle Sottosezioni e l'istituzione di 40 Sezioni di Archivio di Stato, con D.M. 31 marzo 1965, la Sottosezione di Gubbio veniva trasformata in Sezione dell'Archivio di Stato di Perugia.
Nel passaggio da questa fase iniziale, che aveva visto il Comune di Gubbio protagonista, a quella successiva, in cui sarebbe stato il Ministero dell'interno a provvedere alle necessità della Sezione, ci si preoccupò di garantire la continuità del servizio archivistico; infatti il Comune disponeva che nel bilancio preventivo 1966 fosse ancora previsto lo stanziamento per il personale della Sezione, in quanto il Ministero dell'Interno non aveva ancora disposto nulla riguardo al personale.
La prima sede dell'Istituto
Nel 1966 cominciarono ripetuti contatti per iniziare i lavori di adeguamento di una parte di palazzo Ducale, al fine di trasferirvi la sede della Sezione e nel gennaio 1968 venne redatto il verbale di consegna all'amministrazione archivistica dei locali situati al primo piano del palazzo. Negli anni successivi furono condotti lavori di adeguamento, ma vennero anche concluse intese tra l'Ufficio Centrale per i Beni Archivistici e l'Ufficio Centrale per i Beni Ambientali, Architettonici, Artistici e Storici per l'utilizzazione dell'intero complesso di palazzo Ducale, da parte della allora Soprintendenza per i BB.AA.AA.AA.SS. di Perugia, per le raccolte museali esistenti nella città di Gubbio.
La sede attuale a S. Francesco
Vista l'urgenza di trovare una sistemazione alla Sezione, veniva in seguito individuata a tal fine una porzione del complesso conventuale dei padri Minori di S. Francesco, nella quale sono stati successivamente condotti lavori per adibire i locali a nuova sede della Sezione. Il trasferimento fu completato nel 1999: così, dopo tanti anni di permanenza nelle monumentali sale del palazzo comunale - purtroppo inadatte alle esigenze di una ottimale conservazione del materiale e soprattutto a quelle indispensabili per consentirne al meglio la fruizione - dopo il progetto non realizzato di trovare una sede prestigiosa a palazzo Ducale, il complesso di San Francesco, anche grazie alla disponibilità dell’Amministrazione del Fondo per gli Edifici di Culto e della comunità dei padri Minori, iniziava a ospitare, nei suoi spazi così idealmente proiettati verso il colle della basilica di Sant’Ubaldo, l'importante Istituto culturale cittadino.